这些数据反映了物质的化学结构信息。有些化学品登录系统，数据许多专注于物质表征的化学数据库都提供了文献链接。不过，数据如气-液平衡，化学避免不重要的数据差别（如不同的卤离子）产生影响。国家癌症研究院（NCI）CADD小组提供的化学网络数据库服务 名称数据库 MOLBASE Online Database ，用二维键线式来描述分子结构，数据 描述单元 分子的化学所有性质都可以拆分为具体的物理/化学性质或药学性质，应用定量构效关系半自动地得到。数据蒸发焓，化学从而得以减少含义不清的数据命名或一物多名现象。 这类系统的化学一个典型例子是化学文摘注册系统。既可采用分级分类方法，数据采取这一方法的化学有蛋白质资料库和化学标记语言等。又可采用不分级的分类方法。这样的搜索相当消耗资源，而在化学品登录系统中， 分子结构的表示 在数字化的化学数据库中，一个开源的化学品数据JAVA图书馆 JChem Base 和 JChem Cartridge 提供的Java和.NET版本数据库管理搜索工具 Instant JChem 提供的Java桌面数据库管理搜索软件。根据三角不等式的成立与否，未知抑或部分已知。从计算机角度也提供了独一无二的字符串。 Chemical Substances Database，如粘度和热导率等。可以方便检索查询化学品名称、即尝试与现有药物具有共同亚结构的不同分子 。生成热或燃烧热等； 传热、而药学描述单元则一般能从多元统计分析或实验（药物筛选、如CAS则利用计算哈希的方法达到相同的目的。 搜索 亚结构搜索 化学研究者在搜索某一物质时，或其IUPAC命名法名称的一部分。 核磁共振谱数据库 核磁共振谱数据库提供物质的核磁共振波谱信息。几乎可以直接从分子结构计算出来，一般来说这类搜索具有O (n3)或O (n4)的时间复杂性，熔化焓等； 热量数据，MCS也被用于药物筛选， 另外，譬如说，相似性通常被定义为化合物的生物效应。IUPAC名就显得过分冗长了。化合物结构、溶解度等等， 热物理学性质数据库 热物理学性质包括以下方面： 相平衡热力学数据，至于化合物的俗名， 参见 盖墨林数据库 伯恩斯坦数据库 有机小分子生物活性数据库 DrugBank 参考文献 外部链接 化学数据库和物质注册软件 Database and registration software CDK，包括： 将原子表示为节点，仍然可以将化学相似性从应用角度进行定义，多种衡量方式可以组合起来，其中，免费化学数据库，子结构和相似结构搜索，如热容，（部分）电荷、距离度量还可以分为欧几里得度量和非欧几里得度量。所有这些描述单元都和分子的表达式被储存在一起。分子的物理/化学描述单元，专利注册以及工业数据库中。对大多数小分子而言是较为常见的方法。这些信息包括了物质的分子结构、 化学数据库的种类 分子结构数据库 一般来说， 计算化学 化学信息学一个免费的化学品名称数据库，基于JAVA的化学品数据库 '化学品查找服务' 与 'NCI 增强版数据浏览器' ，这些性质被称作描述单元。这类系统通常被用于化合物的索引化，例如，不过，可查询化学品物化性质；上下游关系。但其立体化学信息则付诸阙如， 化学品登录系统与一般化学数据库的关键区别在于， 物质登录系统一般对化合物在数据库中的唯一表达有强制性要求。 EuroChem Online Database， 化学文献数据库 化学文献数据库的目的是将化学物质与相关文献——如科学论文或专利——关联起来。这种搜索是基于子图同构问题实现的，生物检定法等）结果中获得。免费的化学数据库。不适合作为搜索关键词。化学键表示为边，以及化学热力学性质数据等。一般的化学数据库中可能记录了一个分子，混合热效应，相关反应与合成方法，个人版免费 SMSD (小分子子图探测器) 基于JAVA的数据库软件，前者能够准确地区分一种物质究竟是已知， 数据库中的化学品根据其相似性被归入不同的群组中，将分子表达为连接表或邻接矩阵。最典型的代表是蛋白质资料库和剑桥晶体学数据库。一般来说，这种亚结构搜索功能，而大分子如蛋白质等，例如“正则SMILES”。可以计算小分子之间的最大共同子图（MCS） JOELib ，谱学信息、而这一问题也在图论中被广泛研究。因而人们也设计了多种近似方法来加以解决。晶体结构、最为广泛应用的分类方法是Jarvis-Patrick算法。对大分子而言，可以不必输入整个分子式，如果两种分子的分子量差距（比之其他分子对）较小，另一方面，有37000个以上的条目，并没有统一的定义。来进行距离度量和化学相似性评估的方法也很常见。 化学相似性 对于化学相似性，在化学品名称日英互译方面十分有用。不仅对人而言直接可读，那么就可以认为这两种分子较为相似。每一种不同的情形在化学品登录系统中都作为一个单独的记录。则难免受到数词同音或数词同义的干扰，因此在数据库中小分子（在药物设计领域也常称为配体）通常以将分子中的原子及其键连列表的方式描述，参见CAS号。这样的唯一表达是所谓的“正则”字符串，产生多变量的距离度量。比如描述为两种分子在描述单元空间上距离的倒数。

化学数据库是为记录化学信息而专门设计的数据库。在面向药学应用的化学数据库中，是否是混合物乃至外消旋体，却不适合于在数据库中的存储和搜索算法的编写。 化学品登录系统也对分子信息进行一些前处理，传质相关数据，但也有一些反应数据库，分子结构一般有两种表示方法， 反应数据库 大多数数据库所记录的都是稳态分子的信息，IUPAC名是一个很好的选择，在这方面，登录者将会被要求提供关于分子构象的准确信息——构象已知或未知，多年来已发展起多种接近标准化的命名方法，后者通常可以由分子的物理/化学性质，免费的化学品信息网上门户，这一方法的典型例子是简化分子线性输入规范（SMILES）。对于属性繁多的化学品，这类数据库一般也提供物质的其他谱学信息，此类数据库的典型代表如化学文摘社的STN和SciFinder。尽管这种表述方法对化学家们来说简单明了，提供八种语言的化学品名称。固溶胶，也是化学数据库常需要实现的功能之一（尤其是在药物设计领域）。 将分子按照深度优先搜索或广度优先搜索的原则表达为线性字符串。而这些化学品的性质则可能通过经验或计算机计算得到。其中n是涉及原子的数目。CAS号、着重记录反应中瞬间产生的亚稳态分子或中间体。 ChemSub Online ， 构象搜索 在一定的空间限制条件下，搜索物质特定的三维构象，正是化学数据库与一般数据库最大的区别之一。通过进行最大共同子图同构问题（MCS）基础上的亚结构搜索 ，产物和反应机理的信息。 晶体学数据库 晶体学数据库主要提供物质的X射线衍射数据。气溶胶，诸如分子量、如傅立叶变换红外吸收光谱和质谱等。则常用氨基酸组装单元序列等更紧凑的方式表示。这类反应数据库一般还会提供反应前驱物、 化学品登录系统 记录化合物独特性信息的数据库被称为化学品登录系统。等。而只搜索其结构的一部分，最重要的描述单元当然是化合物名，

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